Um seine Überzeugtheit von einer magnetischen Beziehung zwischen der Sonne und dem Pflanzenreich zu illustrieren, entwarf Kircher diese heliotrope Sonnenblumenuhr, die aus einer auf einem Kork befestigten Sonnenblume bestand, welche er in einem Wasserbecken schwimmen ließ. Die Blüte der Sonnenblume drehte sich nach dem Stand der Sonne, und ein durch ihre Mitte gesteckter Zeiger deutete auf die Uhrzeit, die auf der Innenseite eines aufgehängten Ringes abzulesen war. Kircher behauptete, eine solche Vorrichtung könne "bis zu einem Monat" funktionieren, "obzwar sie durch die Einwirkung des Windes Ungenauigkeiten aufweisen" könne, und für gewöhnlich hatte er immer eine Sonnenblumenuhr in seinem Museum. Descartes interpretierte die Passage aus "Magnes" falsch, da er annahm, Kircher bezöge sich dort auf eine seiner früher geäußerten Vermutungen, bei denen er Sonnenblumensamen, die in einer markierten Tasse schwammen, heliotrope Eigenschaften zuschrieb. Obgleich Kircher in Wirklichkeit Versuche mit anderen heliotropen Pflanzen beschrieb, bestand Descartes auf seiner eigenen Fehldeutung, um sie zu einem Schmähangriff auf Kirchers wissenschaftliche Fähigkeiten zu wenden, bei dem er den sanften Jesuiten als "besessen von einer krankhaften Einbildung" beschimpfte und in ihm "eher einen Quacksalber als einen Wissenschaftler" sehen wollte. Descartes' Autorität in der entstehenden Gemeinschaft der Wissenschaftler war so groß, daß Kirchers Ruf daran irreparablen Schaden nahm.

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